El Colegio Militar General Santander, fue fundado en 1965 por 24 militares retirados que pertenecen a la cooperativa COOSAMIR. El Colegio es una institución de carácter privado al servicio de la juventud santandereana en la ciudad de Bucaramanga, rindiéndole así un merecido homenaje al padre de la educación colombiana, el General Francisco de Paula Santander. Esta excelente iniciativa de aquellos hombres se ha conservado vigente a lo largo de 57 años de historia, dando cobertura educativa en función de una formación militar y de una cultura académica, avaladas por el Ministerio de Educación Nacional, el Ministerio de Defensa y el Batallón de Infantería Nro.14 CT Antonio Ricaurte como Unidad Directora. El primer Rector el Señor Capitán GUSTAVO VILLALOBOS SERPA quien inició el Primer año de labores con cuatro grupos de bachilleres y un reducido número de alumnos. El 7 de noviembre de 1968 el señor Sacerdote SADY TOBON, quien durante dos años dedicó sus esfuerzos logró la aprobación del ciclo básico de educación. En el año de 1969 ingresa como Rector el Profesor HUMBERTO GOMEZ NIGRINIS, logrando su completa aprobación de estudios y primera promoción de 35 bachilleres con el grado de Sub-Tenientes de reserva. Durante este tiempo la Institución vivió una época de oro conociéndose en todo el Departamento de Santander por su lema “Patria superación y orden” creado por él mismo. El Licenciado MANUEL ENRIQUE ORTEGA estuvo al frente de la Rectoría del Colegio en el año 1974 creando y obteniendo la aprobación para la Sección Primaria.

En 1975 y hasta 1980 asume la Rectoría el Licenciado HECTOR GABRIEL MORENO VARGAS quien buscó la integración de la Comunidad Educativa a través del primer encuentro de ex alumnos y la participación del Colegio en eventos deportivos a nivel Nacional. En 1980 asumió la dirección el señor Mayor POMPEYO LEDESMA ARENAS, quien supo sortear todos y cada uno de los problemas dejando testimonio de auténtico militar al servicio de la pedagogía. En el año 1989 y en la dirección del Señor Licenciado Mayor HERNAN FERNANDEZ RODRIGUEZ la institución fue sometida a una estructuración con el objeto de lograr la aprobación del Ministerio de Educación Nacional. En el año 1990 el Licenciado ALFONSO NORIEGA amplió la cobertura de la sección primaria para un total de 140 alumnos de primero a quinto grado, quienes tuvieron el privilegio de estrenar nueva sede. En 1994 asume la Rectoría el Sociólogo JORGE EDMUNDO CAPACHO quien bajo su dirección el colegio entra en una etapa de progreso y modernización, inauguró el Polideportivo, el Laboratorio de Informática, la red de audiovisuales, incluyó en el PEI actividades lúdicas, artísticas y culturales. Para 1999, abre las puertas a nivel de transición (grado cero) e impulsa la coeducación con un grupo selecto de niñas dando una nueva imagen a la estructura de la Institución. A su vez encamina la Reforma Educativa con la invitación a “Formar Hombres Nuevos para una Colombia Mejor”.

A Partir del año 2003, asume la Rectoría el Ingeniero ALEJANDRO PARRA SANTOS, con el reto de introducir algunos cambios que van en la unificación de las jornadas académicas, reestructuración del pensum de estudios, hacer énfasis en las competencias y fortalecer las áreas deportivas, culturales y procesos académicos de la institución. En el año 2004 nombra como Director General del Colegio al Señor MAYOR HERNANDO BENÍTEZ CONTRERAS, con el fin de darle cumplimiento a la normatividad del Ministerio de Defensa Nacional, con relación al funcionamiento de los Colegios Militares e identificándolo con su verdadera organización y filosofía castrense. En el año 2017 recibe la Magister. RUTH CASTELLANOS RINCÓN, investigadora permanente en la implementación de metodologías para los procesos de enseñanza, aprendizaje; orientadora pedagógica y didáctica enfocadas a la excelencia en las relaciones humanas. En el año 2018 recibe el Señor Coronel Alfonso Yunda Martínez, quien mostro ser una persona dinámica y habituado al trabajo en equipo; con experiencia en atención a cadetes, docentes y gran sentido de responsabilidad, alta vocación de servicio, capaz de generar valor agregado a nuestro Colegio, mediante creación de ideas e iniciativas propias para la solución de problemas. Manejo, eficiente de recursos, generación de utilidades y evaluación de resultados. A partir del 1 de mayo de 2021 asume por primera vez un exalumno del colegio militar el Señor Mayor William parada Gómez, con 21 años de carrera militar, de la promoción 1988, tiene como propósito para esta amada institución educativa ser los referentes a nivel nacional de los colegios militares.